抠肚脐眼可能会导致肚子疼，主要有以下几个原因：

1. 破坏皮肤屏障：肚脐眼是人体皮肤上的一个开口，有皮肤瓣覆盖。抠肚脐可能会破坏这个屏障，使得细菌更容易进入，引发感染，导致疼痛。

2. 引发炎症：抠肚脐有可能使得局部皮肤受损，引发局部炎症反应，表现为疼痛等症状。

3. 导致内脏刺激：如果肚脐周围有脂肪堆积或者有其他异常，抠肚脐可能会触碰到这些结构，造成不适感。

4. 精神因素：有的人在紧张、焦虑状态下会习惯性抠肚脐，这种行为可能带来精神上的压力，导致疼痛感。

总之，除非是医生的指示，否则抠肚脐眼是一种不健康的行为，应该避免。如果持续且疼痛严重，建议及时就医检查。