剖腹产手术后40天，如果伤口内部出现疼痛，可能有以下几种情况：

1. 伤口愈合过程中的不适：术后伤口在愈合过程中可能会有轻微的疼痛感，这时可以使用医生推荐的止痛药或者冷敷来缓解。

2. 伤口感染：如果伤口内部有红肿、发热、分泌物增多等症状，可能是伤口感染，需要及时就医并按医嘱处理。

3. 线头未脱落或疤痕增生：有时候手术中缝合的线头未完全脱落，可能会刺激伤口，引起疼痛。建议去医院检查线头是否已清除，是否有疤痕形成。

4. 内脏牵拉：如果疼痛伴随着恶心、呕吐、腹胀等症状，可能是由于肠道或其他内脏的活动引起的，（如果有产后便秘或排便不畅也要注意）。

建议您尽快去医院复查，让医生进行细致的检查，以确定具体原因，并给予相应的治疗。同时，保持伤口清洁干燥，避免剧烈运动，有助于伤口的恢复。