肛瘘手术后疼痛的时间因人而异，通常在手术后的前几天到几周内会感觉到不同程度的疼痛。手术后即刻，由于麻醉药物消退，可能会有阵痛或刀割般的疼痛，这一般会持续24-48小时。接下来的几天，可能会有持续性的不适和轻微的疼痛，这通常可以通过非处方药物如止痛药（如布洛芬）或按医嘱给予的镇痛药物来缓解。

然而，具体疼痛持续时间还取决于以下几个因素：

1. 个人对疼痛的耐受力：有些人对疼痛较为敏感，恢复起来可能会感到不适更久。
2. 手术方式：不同的手术方法对恢复过程和疼痛的影响也有差异，微创手术通常疼痛会较小且恢复较快。
3. 术后护理：保持创面清洁、定期更换敷料、避免便秘等都能有效减轻疼痛，促进恢复。
4. 肠道功能恢复：排便时可能会带来疼痛，这可能持续几周，直到肛门功能完全恢复。

总的来说，肛瘘手术后的疼痛过程可能会持续1-3周，但具体情况应根据个人恢复情况和医嘱来调控。如果疼痛非常严重或者持续不减，请及时向医生咨询。