女性早上起来小肚子疼的原因可能有很多种，以下是一些常见的原因：

1. 消化不良：可能是晚上吃得过饱或是食物不合适，导致胃肠道消化不畅，出现疼痛。

2. 月经痛：有些女性可能会在月经期间或前后经历小腹疼痛，这是由于子宫收缩引起的。

3. 炎症或感染：例如盆腔炎、附件炎等妇科疾病，或者是尿路感染等，都可能导致小腹疼痛。

4. 肠胃疾病：如肠炎、胃炎、胃溃疡等也可能引起小肚子疼痛。

5. 饮食问题：过于冷饮或辛辣食物，可能导致肠胃痉挛。

6. 肠道功能紊乱：如功能性消化不良、肠道易激综合征等。

但是，以上可能的原因都需要具体情况具体分析，如果疼痛持续或加重，建议及时就医，以便得到准确的诊断和治疗。