膝盖蹲下后起来疼痛可能是由于多种原因导致的，常见的有以下几种：

1. 关节炎：如骨关节炎、风湿性关节炎等，会随着年龄增长而逐渐影响关节活动。
2. 半月板损伤：膝关节内的半月板如果受损，蹲起时会摩擦刺激导致疼痛。
3. 肌肉拉伤或劳损：如股四头肌、内侧或外侧副韧带等关键部位的肌肉拉伤。
4. 过度使用或运动伤害：例如长时间的跑步、跳跃等活动，对膝盖造成累积性压力。
5. 膝关节扭伤：如果膝盖曾经扭伤过，可能会留下后遗症，在蹲起时疼痛。
6. 平足：如果足弓不正常，可能会导致膝盖承受额外的压力，蹲起时会感到不适。

如果你的疼痛持续存在或者加重，建议尽快去医院进行详细的检查，以确定具体原因并得到适当的治疗。同时，平时可以适当休息，避免剧烈运动，保持良好的运动习惯和姿势，以预防膝盖问题的发生。