月经期间同房后肚子疼可能是因为以下原因：

1. 子宫收缩：月经期子宫内膜脱落，为了排出体外，子宫会收缩。同房时可能会加重这种收缩，导致腹部不适。

2. 情绪因素：月经期间女性的激素水平会发生变化，可能导致情绪波动，性行为后情绪变化可能导致腹部不舒服。

3. 感染：如果月经期间卫生保护不够，可能会有细菌感染，引发炎症，肚子疼便是症状之一。

4. 过度疲劳：过量的活动或疲劳也可能导致肌肉疼痛，特别是盆腔肌肉。

如果疼痛持续或者疼痛程度剧烈，建议去医院妇科进行检查，以排除其他更严重的妇科问题。另外，月经期间应注意保持良好的卫生习惯，避免性生活过于频繁或剧烈。