早上醒来肩膀酸痛可能是由多种原因引起的，比如：

1. 睡眠姿势不当：晚上睡觉时如果肩膀受压，或者枕头太高或太低，都可能导致肩膀酸痛。
2. 过度劳累：如长时间做同一个姿势工作或者锻炼，使肩部肌肉过度疲劳。
3. 肩周炎：长期重复使用肩部或者肩部受凉，可能会引起肩周炎，表现为酸痛。
4. 肩部受伤：可能是前一天做了超出肩部负荷的运动或者扭伤。
5. 颈椎问题：颈椎病时，可能会放射到肩部，引起酸痛。

如果你频繁出现这种情况，建议你注意调整睡姿，适当休息肩部，如果疼痛持续不减或者加重，最好去医院做进一步检查。同时，肩部的拉伸运动和热敷也可以缓解疼痛。