直肠重复畸形，又称肛管直肠闭锁畸形，是一种比较罕见的先天性异常，其发病原因目前还不完全清楚，但一般认为是胚胎发育过程中的细胞分化异常和组织畸形导致的。可能的因素包括：

1. 遗传因素：虽然直肠重复畸形没有特定的遗传模式，但有家族聚集现象，提示可能存在一定的遗传背景。

2. 胚胎发育异常：在胚胎早期，肛门区域的器官需要正确分化和形成，任何在这个过程中的缺陷都可能导致直肠重复畸形。

3. 环境因素：一些研究提出，母亲在怀孕期间可能接触某些化学物质、药物或辐射等因素，可能增加胎儿出现直肠重复畸形的风险。

4. 染色体异常：与一些染色体异常相关的疾病，如唐氏综合征，可能会增加直肠重复畸形的发生率。

然而，这些因素并不能完全解释所有直肠重复畸形的病例，可能还有其他未知的因素。如果出现这种情况，通常会通过遗传咨询和医学检查来评估风险和提供最佳的治疗方案。