男性阴茎根部发痒可能是由多种原因引起的，其中包括：

1. 干燥或清洁不足：不充分清洁或者皮肤过于干燥可能会引起瘙痒。
2. 真菌感染：如念珠菌感染（也叫真菌性阴部炎）或阴虱等寄生虫感染，也会引起瘙痒。
3. 寄生虫感染：如阴唇瘙痒病（疥疮）、螨虫感染等，也可能导致阴茎根部瘙痒。
4. 过敏反应：对洗涤剂、避孕套、护肤品等过敏，也可能引起瘙痒。
5. 阴茎疱疹：由病毒引起的疱疹也会引起瘙痒，但通常伴有其他症状如疱疹和疼痛。
6. 性病：某些性病（如生殖器疱疹、尖锐湿疣等）也可引起瘙痒。

如果出现持续或严重的瘙痒，建议尽快就医，医生会根据你的症状进行诊断并提供相应的治疗措施。同时，保持清洁干燥，避免穿紧身裤，以及避免不洁性行为也是预防此类问题的重要措施。