早孕期出现褐色分泌物有几种可能的原因：

1. 残留旧血：性生活、排卵或子宫内膜剥脱过程中可能会有少量血液残留，随着时间推移自然排出，表现为褐色分泌物。这在怀孕初期不一定是问题，但如果伴随严重出血或疼痛，应立即就医。

2. 雌激素水平变化：在怀孕初期，雌激素水平会发生波动，可能影响子宫内膜的稳定，导致褐色分泌物。

3. 绒毛膜促性腺激素（HCG）水平上升：受精卵着床时可能会引起轻微出血，这可能会被体内的HCG稀释，表现为褐色分泌物。

4. 子宫颈疾病：如宫颈炎症、宫颈息肉等，也可能出现褐色分泌物。

5. 某些药物副作用：某些药物如雌激素类避孕药或黄体酮可能会引起类似情况。

6. 微量出血或着床出血：受精卵着床到子宫内膜时，极少量的出血也可能导致褐色分泌物。

如果在早孕期出现褐色分泌物，最好及时就医，让医生通过超声检查等方法确认胎儿健康及胎儿是否着床异常，并根据具体原因给予相应的处理。警惕任何伴随腹痛、大量出血或异味等症状，这些可能是异常妊娠的信号。