停经40天如果B超检查未能看到孕囊，可能有几种情况：

1. 早期妊娠：有时候，尤其是在孕早期，孕囊可能还太小，B超可能无法检测到。建议过几天或一周后再做一次检查，以提高检测的准确性。

2. 流产或宫外孕：如果孕囊并未按照正常妊娠发展，可能是自然流产或是宫外孕的迹象。这时需要妇科医生的专业评估。

3. 疾病或药物影响：停经但看不到孕囊也可能是由于某些疾病（如多囊卵巢综合症、卵巢功能衰退等）或使用某些药物（如避孕药、激素类药物等）引起的。

4. 其他原因：还可能是测量技术、体位或机器问题等因素导致的遗漏。

如果你有停经且B超检查未发现孕囊的情况，建议立即咨询医生，以便进一步诊断和处理。