阴茎根部疼痛可能是由多种原因引起的。以下是一些可能的解释：

1. 感染：阴茎根部疼痛可能是由于感染引起的。这可能包括尿道感染、前列腺炎或阴茎包皮炎。感染通常会伴随着其他症状，如发热、尿频、尿痛和脓性分泌物。

2. 炎症：阴茎根部疼痛可能是由于炎症引起的。这可能包括阴茎龟头炎、阴茎尿道炎或阴茎海绵体炎。炎症通常会伴随着其他症状，如红肿、疼痛和分泌物。

3. 外伤：阴茎根部疼痛可能是由于外伤引起的。这可能包括阴茎挫伤、阴茎撕裂或阴茎挫伤。外伤通常会伴随着其他症状，如出血、肿胀和疼痛。

4. 阴茎畸形：阴茎畸形可能是由于阴茎发育异常引起的。这可能包括阴茎短小、阴茎弯曲或阴茎包皮过长。阴茎畸形通常会伴随着其他症状，如阴茎疼痛、勃起困难和性功能障碍。

如果你的阴茎根部疼痛持续存在，建议你尽快就医。医生可以通过详细的病史和体格检查来确定疼痛的具体原因，并进行相应的治疗。