甲硝唑和奥硝唑都是治疗一些微生物感染的常用药物，它们都属于硝基咪唑类抗菌药物。虽然具有相似的化学结构和药理作用，但它们在具体使用上有以下几点区别：

1. 品牌和制造商：奥硝唑可能是一个品牌的名称，而甲硝唑是通用名，可能有多个品牌的制剂。不同的品牌可能在剂型、剂量和规格上有所差异。

2. 适应症：两者均可用于治疗厌氧菌感染，例如消化道、妇科、泌尿生殖系统等部位的感染，但在某些特定疾病中，临床可能倾向于选择其中一个，如口腔念珠菌病、阴道滴虫病等，甲硝唑使用更广泛。

3. 药理作用：甲硝唑和奥硝唑在体内都能转化为还原型硝基咪唑，这种代谢产物可以干扰微生物的代谢，起到抗菌作用。但奥硝唑在体内的还原代谢可能更强，因此在某些情况下效价可能更高。

4. 不良反应：由于奥硝唑可能具有更高的代谢活性，一些人可能对其过敏反应或其他副作用更敏感。

5. 药物剂型和用法：两者可能有不同的片剂、栓剂、凝胶等剂型，具体用法也可能会因为剂型不同而有所不同。

请在使用药物前，一定遵循医生或药师的指导，他们将根据病情和个体差异来决定使用哪种药物。