月经干净后出现腰疼的情况，可能有以下原因：

1. 前列腺素影响：月经期间子宫内膜脱落会释放大量前列腺素，可能导致子宫收缩和痛经。月经结束后，这些激素水平降低，有时可能会引起短期的后遗症，如腰疼。

2. 腰部肌肉疲劳：经期因为生理原因，腰部肌肉可能会受到一定程度的紧张和疲劳。月经结束后，如果姿势不正确或活动量较大，可能会出现腰疼。

3. 子宫位置问题：有些女性的子宫位置可能不太好，例如后倾或前倾，这在月经期间可能不会明显感觉到不适，但月经结束后可能会因为体位改变而引起腰疼。

4. 其他妇科问题：如有盆腔炎、宫颈炎、子宫内膜异位症等妇科疾病，也可能在月经干净后出现腰痛症状。

5. 生活习惯：久坐、坐姿不正确、缺乏运动、腰部受寒等生活习惯因素也可能导致腰疼。

如果腰疼持续时间较长，影响日常生活，建议及时就医，排除严重疾病。平时可以注意休息，保持良好的坐姿和站姿，适当运动，保持腰椎健康。