小腹两侧一阵一阵的疼痛可能有多种原因，常见的包括：

1. 消化系统问题：腹痛可能是胃肠道问题，如胃炎、胃溃疡、肠炎、消化不良、肠胃痉挛等。
2. 泌尿系统问题：如肾结石、膀胱炎、尿路感染等，疼痛可能呈阵发性。
3. 生殖系统问题：女性可能会有卵巢囊肿、月经痛或附件炎等问题，男性可能与前列腺炎、睾丸扭转等有关系。
4. 妇科疾病：如子宫内膜异位症、子宫肌瘤、盆腔炎症等。
5. 压力或肌肉拉伤：长时间坐着或站着，加上肌肉疲劳也可能导致小腹疼痛。
6. 腰部问题：腰部疾病可能引起放射性疼痛至小腹。

如果疼痛持续不断、严重、伴有其他症状（如发热、呕吐、血尿等），应及时就医，以便明确诊断和治疗。