肾结石碎石后仍然感到疼痛可能是由于以下几个原因：

1. 残留结石：碎石手术可能无法完全清除所有的结石，残留的结石可能会引起疼痛。如果结石碎片没有完全排出，建议进行进一步的检查和治疗。

2. 术后感染：手术可能会导致尿道和肾脏的感染，这可能会引起疼痛。如果疼痛持续或加剧，建议咨询医生进行检查和治疗。

3. 术后疼痛反应：手术可能会引起疼痛反应，这是正常的。疼痛反应通常会在术后几天内逐渐减轻，但如果疼痛持续或加剧，建议咨询医生进行进一步评估和治疗。

4. 其他并发症：碎石手术可能会引起其他并发症，如出血、肾功能不全等，这些并发症也可能会引起疼痛。如果疼痛持续或加剧，建议咨询医生进行进一步评估和治疗。

总之，肾结石碎石后仍然感到疼痛可能是由于残留结石、术后感染、术后疼痛反应或其他并发症引起的。建议尽快咨询医生进行进一步评估和治疗。