三个月的宝宝由于免疫系统和鼻腔发育尚不完善，频繁的鼻塞流鼻涕可能是感冒、过敏或者鼻炎等原因引起的。以下是一些可能的处理方法：

1. 保持鼻腔清洁：使用生理盐水滴鼻，最好选择婴儿专用的滴鼻器，每日4-6次，每次几滴，能帮助清理鼻腔分泌物，缓解鼻塞。

2. 调整环境：保持室内湿度，可以使用加湿器，避免干燥刺激鼻腔。必要时，打开空气净化器，减少尘螨等过敏源。

3. 适当护理：如果宝宝鼻涕较多，可用湿毛巾擦拭或使用软布轻轻擦拭鼻孔外部，避免让宝宝去抓鼻子，以防细菌感染。

4. 饮食：提供充足的水分，保持宝宝水分摄入，有助于稀释鼻涕。

5. 母乳喂养：对于母乳喂养的宝宝，妈妈应保持自己的饮食均衡，避免吃可能引起宝宝过敏的食物。

6. 咨询医生：如果鼻塞流鼻涕持续，或者伴随着发热、咳嗽、呼吸急促等症状，应及时就医，让专业医生检查并给出合适的治疗建议。

以上方法仅供参考，具体处理还需根据宝宝的实际状况和医生的指导进行。注意不要自行使用药物，包括成人用的感冒药等，以免对宝宝造成伤害。