对于新生儿便秘，通常情况下并不会首选手术治疗，因为大部分新生儿便秘是由于喂养、肠道菌群调整或排便习惯还未建立等原因引起的，通过调整喂养方式、增加水分摄入、必要时给予轻柔的腹部按摩等方法，大部分便秘是可以自行缓解的。如果经过一段时间的观察和处理，便秘状况仍然没有改善，医生可能会考虑其他治疗方法，比如药物治疗。

如果真的需要手术，那可能会涉及到手术治疗的原因，比如先天性的消化道畸形等复杂情况。手术的时间取决于具体手术的类型和复杂性，一般情况下，儿科手术时间可能会相对较短，可能在几十分钟到两小时左右，但也可能更长，需要根据具体情况而定。手术后还会有恢复期，需要在医院观察一段时间。

重要的是，对于新生儿的便秘问题，早期发现、早期干预是非常重要的，建议及时咨询医生，避免自行处理导致不必要的风险。