凌晨三四点钟头疼可能由多种原因造成，包括：

1. 生物钟紊乱：人体有自然的生物钟，如果你经常在这个时间点还没睡觉或者睡眠不足，可能会导致头疼。

2. 睡眠质量差：晚上睡眠不足或者睡眠质量不好，如睡眠浅、多梦、打鼾等，可能会引起头疼。

3. 脱水：夜间代谢消耗水分，如果不及时补充，可能会引起轻微的头疼。

4. 饮食因素：晚餐吃得过晚或食用辛辣、油腻食物，以及饮食中的咖啡因可能引发头疼。

5. 压力和焦虑：长时间的压力累积可能导致头痛，尤其是在夜间。

6. 颅内压力增高：某些疾病，如脑部感染、脑肿瘤或者颅内疾病可能引发这种疼痛，如果持续存在，应尽快就医。

如果你的头疼情况频繁、严重或伴有其他症状（如视觉改变、恶心、呕吐、意识不清等），应及时就医，查明原因并进行相应的治疗。