月经过后小肚子疼和腰酸可能是因为月经期间子宫内膜脱落并在排出体外的过程中，引起了一定的刺激和炎症反应。这种情况通常属于生理性的，被称为痛经或月经后疼痛，很多女性都会有类似的经历。痛经的原因可能包括子宫收缩过度、子宫内膜剥脱时释放化学物质导致炎症反应或者是子宫颈和阴道的炎症等。

以下是一些可能导致疼痛的因素：

1. 卵巢功能失调：如内分泌失衡，雄激素过多等。

2. 子宫内膜异位症：子宫内膜生长在子宫以外的地方，会导致疼痛。

3. 子宫肌瘤或子宫腺肌症：子宫内的良性或恶性肿瘤。

4. 盆腔炎症或炎症性肠病。

5. 子宫先天性异常或手术导致的粘连。

痛经通常会在月经来潮的第一天最严重，之后会逐渐减轻。如果疼痛严重到影响日常生活，或者伴有其他症状如发热、血块、异常出血等，应及时就医，因为这可能提示有其他疾病存在。平时可以通过休息、热敷、按摩、适量运动和保持良好的生活习惯来缓解症状。如果医生认为需要，可以使用非处方药物如布洛芬来缓解疼痛。