选择做CT还是核磁共振（MRI）主要取决于你的病情、医生的建议以及医疗资源的可用性。对于头痛，两者都可以用来检查头部结构，但有一些区别：

1. CT扫描：通常用于急性情况或需要快速诊断的情况，比如脑出血、骨折等，因为它的检查速度快，辐射剂量相对较低。

2. MRI：对于更复杂的诊断，如寻找软组织损伤、脑部病变或炎症，或者有金属物质（如植入物）的情况，MRI更为适合。MRI的图像质量高，可以提供更多的组织细节，但其需要的时间较长，且有更强的磁场，对某些人可能不适应。

如果你只是头痛，如果不是非常严重，可能首先会进行简单的CT检查，以确定是否有器质性问题。但如果头痛反复发作，或者有其他症状，可能需要进一步的MRI来排除其他可能性。

总之，最好根据你的具体病情和医生的建议来决定。