早上醒来肚子疼且上完厕所有所缓解的情况可能是由以下几种原因造成的：

1. 睡眠期间肠胃活动减缓：长时间的睡眠让肠胃消化活动减弱，早上醒来时，消化道内的废物可能积聚，导致短暂的不适，排便是身体自然的自我清洁过程。

2. 饮食问题：晚上摄入了不易消化的食物，或者喝了太多的冷饮，早上可能会引起肠胃不适。

3. 水准不平衡：可能会有轻微的脱水，尤其是如果前一天晚上没有喝足够的水。排便是身体补水的一种方式。

4. 肠胃疾病：如果这种疼痛经常出现，可能是慢性肠胃炎、胃溃疡、肠易激综合症等疾病引起的，需要进一步排查。

然而，如果这种情况只是偶尔发生，通常不需要过于担心。但如果疼痛持续或者频繁出现，建议咨询医生以了解具体情况。