脚扭伤三个月后仍然肿可能是由于以下原因：

1. 受伤后，软组织修复可能需要一定的时间。扭伤可能导致软组织损伤，如肌肉、韧带和筋膜。这些组织需要时间来修复和愈合。

2. 炎症反应。扭伤后，身体可能会产生炎症反应，导致肿胀和疼痛。这种反应可能是为了保护受伤部位，防止进一步损伤。

3. 血液回流问题。扭伤可能导致局部血液回流受阻，导致肿胀。这种情况通常需要进一步的检查和治疗。

如果你的脚扭伤已经过去了三个月，建议你咨询医生或专业的医疗保健提供者，以确定具体的原因和治疗方法。他们可以进行详细的检查，包括X光或MRI扫描，以确定软组织损伤的程度和位置。

治疗方法可能包括休息、冰敷、加压包扎、物理治疗和药物治疗。医生可能会建议你进行康复训练，以帮助恢复受伤部位的功能。

重要的是要记住，每个人的康复过程都是不同的，所以最好在医生的指导下进行治疗。