早孕期出现咖啡色分泌物，通常可能是以下几种原因：

1. 激素变化：孕早期，孕激素水平会大幅度上升，这可能导致轻微的阴道出血或者排出带有旧血的分泌物，看起来像是咖啡色。

2. 着床出血：受精卵着床到子宫壁时，有时会引发轻微出血，通常是浅棕色的。

3. 子宫颈疾病：子宫颈糜烂或轻微的宫颈息肉可能会引起少量出血。

4. 孕酮不足：孕酮是维持妊娠的重要激素，分泌不足可能导致早期出血。

5. 流产征兆：尽管早期流产的情况相对较少，但如果咖啡色分泌物伴随着腹痛、腰痛或者阴道出血增多，可能是流产的征兆，需要立即就医。

无论何种情况，首次发现早孕期出现咖啡色分泌物，都应当咨询医生，进行详细的检查，以确保母婴安全。