月经不干净且呈褐色可能是由多种原因引起的，包括但不限于：

1. 排卵期出血：排卵期间，卵巢可能会轻微破裂，导致少量出血，这部分血迹可能会在月经结束后排出，出现褐色。

2. 流产或宫内膜异位症：早期妊娠流产或宫内膜异位症（病症）可能导致月经期间或之后出血。

3. 月经周期改变：激素水平的变化可能导致月经颜色和流量的改变，褐色可能代表血液被氧化，但不一定是异常。

4. 荷尔蒙失调：甲状腺功能异常、多囊卵巢综合症等可能导致激素紊乱，月经颜色可能会受到影响。

5. 使用避孕措施：某些避孕方法（如口服避孕药）会改变月经周期，可能会使月经颜色变得不规律。

6. 子宫内膜增生或萎缩：这可能是由于年龄、妊娠、绝经等因素引起的，有时会表现为月经颜色变化。

如果褐色分泌物出现，并持续时间较长，伴随疼痛、异常的气味或者量大，建议及时就医，进行妇科检查以确定具体原因。