月经干净后出现腰痛和小腹痛可能有以下几个原因：

1. 排卵痛（mittelschmerz）：这是月经周期中的一个正常现象，通常在下次月经来潮前14天左右，卵巢可能会释放出卵子，这会导致轻微的腰痛和腹痛。

2. 子宫收缩：在月经周期中，子宫会发生收缩和松弛，尤其是在月经结束后的几天里，这可能会引起轻微的腰痛。

3. 盆腔炎或者宫颈炎：如果存在感染，可能会引起腰痛和小腹痛，需要检查是否有炎症。

4. 慢性疼痛疾病：如慢性盆腔疼痛综合症，可能会持续性地出现腰痛和小腹痛。

5. 肾病：腰部是肾脏的位置，如果肾脏有问题，也可能会引发腰痛。

建议你注意观察疼痛的持续时间和严重程度，如果疼痛持续或者加重，或者伴随其他症状（如发热、恶心、呕吐等），应尽快去医院检查，以确定具体原因并得到相应的治疗。