膝关节内侧疼痛在跑步时常见，尤其是在长时间或者高强度跑步之后，可能是由于以下几种原因：

1. 过度使用：长时间跑步或者跑步强度过大，导致膝关节承受的压力超过其本身承受能力，从而引起疼痛。
2. 肌肉不平衡：股内侧肌群（如缝匠肌和半腱肌）过于薄弱，无法平衡大腿外侧的肌肉，这可能导致膝关节承受更大的压力，产生疼痛。
3. 骨关节问题：如髌骨不稳定、髌股关节疼痛综合征、骨关节炎等。
4. 跑步姿势问题：如果跑步时脚着地方式不正确，如内八字或外八字，也可能增加膝关节内侧的压力，引发疼痛。
5. 穿戴不适合的鞋子：如果鞋子不合适，可能会增加膝关节的负担，引起疼痛。

针对这些情况，你可以尝试以下措施：

- 休息和逐渐增加训练强度，给膝关节恢复的时间。

- 做些股内侧肌群的增强性训练，改善肌肉平衡。

- 确保跑步姿势正确，减少膝关节的冲击。

- 穿戴合适的跑步鞋，提供足够的支撑和缓冲。

- 如果疼痛持续不减或加剧，建议咨询医生或物理治疗师，可能需要进行进一步的检查和治疗。

记住，预防总是优于治疗，保持良好的运动习惯和适当的训练是避免运动伤害的关键。