凌晨三点左右感到胃部不适可能有多种原因，包括：

1. 饮食不规律：可能是晚餐吃得过晚或者过饱，或者吃了对胃部刺激的食物。
2. 消化系统疾病：如胃炎、胃溃疡、胃食管反流病等，它们可能在特定时间如凌晨发作。
3. 精神压力：长期的压力和焦虑可能影响胃肠道功能。
4. 生活习惯：如熬夜、缺乏运动等也可能影响胃部健康。

建议你注意以下几点：

1. 调整生活习惯，保持规律的作息，避免熬夜。
2. 饮食尽量清淡，避免吃辛辣、油腻、冷饮等对胃部刺激的食物。
3. 尽量不要在睡前两小时内吃东西。
4. 如果疼痛持续或加重，建议及时就医，做进一步检查以确定病因。

请注意观察症状，如果持续不适，最好咨询医生以获得专业的建议。