低位单纯肛瘘的复发率主要取决于治疗方法、个体差异以及病情严重程度等因素。传统的切开挂线术或切除术在处理低位肛瘘时，如果操作技术熟练，复发率可以控制在较低水平，一般在5%~10%之间。但如果手术不彻底，或者术后护理不当，如伤口愈合不良、有感染，那么复发率可能会提高。

现代的一些微创治疗方式，如经肛门内镜下微创手术（TIPSS）或肛瘘镜治疗等，技术更为精细，复发率可能会更低，但具体还要根据个体情况来判断。

总的来说，预防低位单纯肛瘘的复发，术后定期复查、保持大便通畅、避免便秘、注意个人卫生等都非常重要。在医生的指导下进行规范治疗和护理，可以有效降低复发率。