跑步时大拇指根部疼痛可能是由以下几个原因引起的：

1. 过度使用：频繁高强度的跑步，特别是错误的跑姿或者步态，可能会导致大拇指受力过大。
2. 前足压力过大：如果你是穿不合适的跑鞋或者是跑步时足弓支持不足，可能会导致大拇指内侧受压。
3. 跑步损伤：如跖疣、关节炎或者骨折等，也可能引起疼痛。
4. 软组织问题：如肌腱炎（如拇长屈肌腱炎）或滑囊炎。

如果疼痛持续存在或者加剧，建议你停止运动并尽快咨询医生或物理治疗师，以获取正确的诊断和治疗方案。同时，可以通过调整跑鞋、改善跑姿，做足部的拉伸和强化运动来减轻疼痛。在跑步前做一些热身活动，跑步后做适当的冷却运动，也可以帮助预防此类问题。