三个月宝宝的干呕可能有多种原因：

1. 消化系统发育不完全：新生儿和婴儿的消化系统还在发育中，可能会出现胃酸反流或消化不良，导致干呕。

2. 过度喂养：如果喂奶过多或过快，宝宝可能吞咽过多空气，引发干呕。

3. 喂养姿势问题：喂奶时如果姿势不正确（比如让宝宝头部低于身体），可能会导致食物回流，引起干呕。

4. 胃肠道疾病：如胃炎、肠炎等疾病也可能引起干呕。

5. 宝宝情绪：有时候，宝宝可能会因为不舒服或其他原因而表现出干呕的症状，这在哭闹或焦虑时较为常见。

6. 病毒感染：比如感冒、肠胃病毒感染等引起的不适也可能导致干呕。

如果你注意到宝宝的干呕情况持续存在、频繁发生、有呕吐物或者其他不正常的症状，比如发热、食欲不振、哭闹不停等，建议及时就医，咨询医生的专业意见。平时喂养时要保持正确的喂养姿势，避免过量喂食，保持宝宝良好的睡眠和情绪状态。