新生儿上呼吸机的后遗症取决于多种因素，包括使用呼吸机的时间、具体原因、个人身体反应以及治疗的质量等。以下是一些可能的情况：

1. 气道损伤：长期或高压的气道支持可能导致气道炎症、狭窄或者损伤，可能会影响后期的呼吸功能。

2. 肺部功能：长期的呼吸支持可能会导致肺部气体交换受损，甚至肺内积水（肺水肿），这可能会影响肺部的发育和成熟。

3. 心脏负荷：长时间的呼吸机需要会对心脏造成额外的压力，可能导致心脏负担过重，或者心脏功能异常。

4. 脑部并发症：如脑水肿、脑损伤，尤其是跟压力调节和睡眠问题相关的并发症，可能影响认知和神经发育。

5. 延迟性呼吸问题：如呼吸窘迫综合症（RDS）可能会随着婴儿的成长而改善，但也可能留下轻度的慢性呼吸道疾病。

6. 心理影响：长期依赖机器可能会对婴儿的心理发展产生影响，如焦虑、抑郁等。

要避免这些后遗症，关键在于早期的诊断和治疗，以及专业的医疗团队精心的监护和管理。每个婴儿的情况都会不同，应由医疗人员根据具体情况评估。