三个月的宝宝眼睛里有红血丝可能是由多种原因引起的，其中一些常见原因包括：

1. 生理性：新生儿和婴儿的血管较为脆弱，可能会因为摩擦或哭闹导致眼部微小血管破裂，形成红血丝，这是正常现象，通常会在几天或几周内自行消失。

2. 睡眠不足或疲劳：新生儿和婴儿需要大量的睡眠，如果睡眠不足，可能会导致眼部疲劳，出现短暂的红血丝。

3. 眼睛不适：如果宝宝感到不适，如眼部感染（如结膜炎）、过敏或其它眼部疾病，也可能导致红血丝。

4. 鼻塞或泪道未完全发育：这可能导致眼泪无法正常排出，眼睛周围可能发红。

如果宝宝的红血丝持续存在，或者伴随其它症状如分泌物、疼痛、畏光、哭闹等，建议及时带宝宝去儿科或眼科医院就诊，以便医生进行专业检查和治疗。