早上起来肩膀酸痛可能有多种原因：

1. 睡眠姿势不正确：如果你的睡眠姿势长时间偏向某一侧，尤其是压在肩膀上，可能会引起肌肉疲劳和酸痛。

2. 肌肉劳损：如果你近期做了大量上肢活动，如重型物品搬运、网球、羽毛球等运动，肌肉过度使用也是常见的原因。

3. 颈椎问题：颈椎问题，如颈椎病，也可能引发肩颈部疼痛，因为颈椎和肩部的神经有紧密联系。

4. 软组织损伤或炎症：如肩袖损伤、肩周炎等，长期炎症或损伤会导致肩膀不适。

5. 睡眠质量差：长期睡眠不好，缺乏充足的休息，也可能引起肌肉疲劳和酸痛。

6. 内分泌紊乱：某些情况下，由于压力、疲劳或荷尔蒙变化（如更年期），肩膀疼痛也可能出现。

如果你的疼痛持续不断或者影响到日常生活，建议去医院进行检查，找出具体原因并进行相应的治疗。平时注意保持良好的姿势，适当运动，避免过度劳累，规律作息也能有所帮助。