抗生素在治疗咽炎时可能会有一些副作用。最常见的副作用包括：

1. 胃肠道不适：抗生素可能引起恶心、呕吐、腹泻等胃肠道不适症状。

2. 过敏反应：少数人可能会对某些抗生素过敏，出现皮疹、荨麻疹等过敏反应。

3. 耐药性：长期使用抗生素可能会导致细菌产生耐药性，使得抗生素治疗效果降低。

4. 肝肾功能损害：某些抗生素可能对肝肾功能产生损害，特别是老年人和肝肾功能不全的患者。

因此，在使用抗生素治疗咽炎时，应遵医嘱使用，并密切关注可能的副作用。同时，尽量选择针对细菌感染的抗生素，避免滥用抗生素。