膝盖下蹲时疼痛可能有多种原因，常见的包括：

1. 韧带或肌肉拉伤：下蹲时，膝关节需要承受更大的压力，如果膝关节周围的韧带或肌肉受到过度扭转或拉伸，就可能出现疼痛。

2. 关节炎：如骨关节炎、滑膜炎等，下蹲时关节滑液分布不均，可能导致疼痛。走路时，关节承受的压力和运动方式可能不一样，所以疼痛不明显。

3. 半月板损伤：半月板是连接股骨和胫骨的软骨，下蹲时半月板受力较大，如有损伤，可能会感到疼痛。

4. 髌骨问题：髌骨是膝盖上一块保护膝关节的骨头，如果髌骨软骨磨损或髌骨不稳定，也可能导致下蹲时疼痛。

5. 过度使用或疲劳：长期进行需要下蹲的活动（如深蹲等），可能会导致肌肉或韧带疲劳，引发疼痛。

如果疼痛持续存在，建议去医院进行详细检查，以确定具体原因并进行相应的治疗。同时，适当休息和进行适当的膝关节锻炼也有助于缓解疼痛。