孕40天时，药流通常使用的药物是米非司酮（Mifepristone）和米索前列醇（Misoprostol）。这些药物通过抑制孕酮的产生，促进子宫收缩，从而达到终止妊娠的目的。

关于孕囊的大小，这取决于具体的妊娠时间和个体差异。一般来说，在孕40天时，孕囊的大小可能约为1.5-2厘米。然而，这只是一个估计值，具体的孕囊大小还需要通过B超检查来确定。

在进行药流手术之前，医生通常会进行B超检查，以确定孕囊的大小和位置。这些检查可以帮助医生确定最佳的手术时机和方案，以确保手术的安全和成功。

在进行药流手术时，医生会将米非司酮和米索前列醇分别给药。米非司酮通常用于终止妊娠的早期阶段，而米索前列醇则用于促进子宫收缩和排出孕囊。

药流手术通常在医生的监督下进行，通常在诊所或医院进行。手术过程中，医生会观察孕囊的大小和位置，并根据具体情况进行手术操作。

总之，孕40天时，药流孕囊的大小大约在1.5-2厘米之间。在进行药流手术之前，医生通常会进行B超检查来确定孕囊的大小和位置，以确保手术的安全和成功。