胃肠功能紊乱是一种常见的消化系统问题，药物治疗一般由医生根据患者的具体症状和体质来决定。以下是一些常见的药物治疗选项，但请在咨询医生后使用:

1. 抗生素：如果是由细菌感染引起的胃肠问题，医生可能会开出抗生素。

2. 调整肠道菌群：某些益生菌或者消化酶制剂，如双歧杆菌、伊曲康唑，可以帮助恢复肠道微生态平衡。

3. 抗酸/抗胃酸药：如氢氧化铝、奥美拉唑，用于缓解胃酸过多和胃痛。

4. 抑制胃酸分泌：质子泵抑制剂（如兰索拉唑）或H2受体阻滞剂（如雷尼替丁）可减少胃酸的产生。

5. 抗胆碱药：如山莨菪碱，可缓解肠道痉挛性疼痛。

6. 轻度镇静剂或抗焦虑药：如苯二氮卓类药物，有助于放松神经，减轻焦虑和紧张状态。

7. 治疗腹泻或便秘：如洛哌丁胺用于止泻，或者使用缓泻剂（如乳果糖）治疗便秘。

请记住，药物并不能治愈所有的胃肠功能紊乱，调整生活习惯、饮食、减轻压力和保证充足的休息也是非常重要的。