大拇指第二关节疼痛可能有多种原因，以下是一些可能的原因：

1. 轻微扭伤或劳损：如果你在使用大拇指时不小心用力过猛或者重复使用，可能会导致关节疲劳和轻微的伤害，引起疼痛。

2. 关节炎：尤其是类风湿性关节炎或者骨关节炎，这些疾病可能导致关节炎症和疼痛。

3. 肌腱炎：如屈指肌腱炎，大拇指的活动主要依赖于这些肌腱，肌腱炎可能导致关节疼痛。

4. 神经受压：例如腕隧道综合症，可能会引起大拇指疼痛。

5. 骨折或者骨裂：如果大拇指受到了明显的冲击，可能会骨折或骨裂，引起疼痛。

如果你的疼痛持续不减或者伴有肿胀、发红、活动受限等症状，建议及时就医，以便得到专业的诊断和治疗。