卵巢囊肿手术风险与手术方式、患者个体差异以及医生的经验和技术水平等因素有关。一般来说，现代腹腔镜或微创手术的风险相对较低，恢复较快。手术目的主要是为了诊断和（或）治疗囊肿，通过切除囊肿或者进行囊肿穿刺、硬化治疗等方式。

以下是可能的风险和并发症：

1. 切口感染：少数情况下手术切口可能会感染。
2. 出血：手术过程中可能会有出血，但现代医疗技术可以有效控制。
3. 疼痛和不适：手术后可能会有腹痛、不适感，但通常可以通过药物缓解。
4. 穿孔或损伤：手术过程中有时可能会损伤邻近器官或引起囊肿破裂。
5. 精神状态：可能会有轻度的焦虑或恐惧，这可以通过良好的麻醉和术后护理减轻。
6. 术后并发症：个别患者可能会有短暂的尿失禁或排便问题，但这些通常会恢复。

总体来说，如果由经验丰富的医生在现代化的医疗条件下进行，手术风险相对较低，且大部分患者术后能较快恢复正常。术前应详细讨论手术风险和预期效果，以便做出明智的决定。