卵巢囊肿手术的方式取决于囊肿的类型、大小、症状以及年龄等因素。大部分情况下，卵巢囊肿的治疗是选择保留卵巢的手术，因为卵巢是女性的重要生殖器官，切除可能会影响生育能力。常见的保留卵巢的手术有以下几种：

1. 腹腔镜手术：对于小型或无症状的囊肿，医生可能选择腹腔镜手术，通过几个小切口将镜子和手术器械放入体内，精准地摘除囊肿，对卵巢损伤小。

2. 开腹手术：对于囊肿较大或者位置不佳（紧贴器官）的病例，或者有症状且药物治疗无效时，可能需要开腹手术。这时，医生会切除囊肿，但一般会尽量保留卵巢。

3. 保留生育功能的手术：对于育龄期妇女，医生可能会选择保留部分卵巢组织，比如囊肿的部分剥离术，以期保留其生育功能。

只有在极少数情况下，如囊肿恶性、囊肿扭转等紧急情况，或者囊肿严重影响生活品质且无法保留卵巢功能时，才可能采取一侧或双侧卵巢切除的手术。因此，具体手术需要根据患者的具体情况由专业医生决定。在手术前，请务必与医生充分沟通，了解手术方案及可能的风险。