屁股两侧窝窝疼可能是由多种原因引起的，以下是一些可能的原因：

1. 坐骨神经痛：坐骨神经痛是一种常见的疼痛症状，可能由于坐骨神经受到压迫或炎症刺激而引起。这种疼痛通常从臀部开始，沿着大腿后部和足部放射。

2. 肌肉拉伤：长时间坐着或站立不正确可能导致肌肉拉伤，尤其是臀部肌肉。这种疼痛通常伴随着肌肉僵硬和肿胀。

3. 腰椎间盘突出：腰椎间盘突出是一种常见的腰椎疾病，可能导致疼痛和不适感。这种疼痛通常从臀部开始，沿着腰部和腿部放射。

4. 骨质增生：骨质增生是一种常见的骨骼疾病，可能导致疼痛和不适感。这种疼痛通常从臀部开始，沿着腰部和腿部放射。

5. 坐骨神经卡压：坐骨神经卡压是一种罕见的疾病，可能导致坐骨神经受到压迫，从而引起疼痛和不适感。这种疼痛通常从臀部开始，沿着大腿后部和足部放射。

如果你有这些症状，建议你咨询医生进行进一步的评估和诊断。医生可能会建议进行进一步的检查，如X光、MRI或CT扫描，以确定具体的原因。