同房时肚子疼可能是由多种原因引起的，以下是一些可能的解释：

1. 子宫痉挛：在性交过程中，子宫肌肉可能会痉挛，导致轻微的腹痛。这种疼痛通常是短暂的，不会持续很长时间。

2. 子宫内膜异位症：子宫内膜异位症是一种常见的妇科疾病，其中包括子宫内膜在子宫外生长。在性交过程中，子宫内膜可能会与子宫壁或其他组织发生摩擦，引起疼痛。

3. 子宫颈炎：子宫颈炎是一种炎症，通常由细菌感染引起。在性交过程中，子宫颈可能会与阴茎或手指摩擦，引起疼痛。

4. 盆腔炎症：盆腔炎症是一种感染性疾病，通常由细菌感染引起。在性交过程中，盆腔组织可能会与阴茎或手指摩擦，引起疼痛。

5. 子宫内膜异位囊肿破裂：子宫内膜异位囊肿是一种常见的妇科疾病，其中包括子宫内膜在子宫外生长并形成囊肿。在性交过程中，子宫内膜囊肿可能会破裂，引起疼痛。

如果你的肚子疼持续存在或症状严重，建议你尽快就医，以便进行进一步的检查和诊断。