先天性再生障碍性贫血（congenital aplastic anemia，简称Congenital AA）是一种罕见的遗传性疾病，其病因主要包括以下几个方面：

1. 基因突变：Congenital AA的主要病因是基因突变，这些突变可能导致造血干细胞（如骨髓中的造血祖细胞）的异常。这些突变可能发生在造血干细胞的DNA上，导致其功能障碍或死亡。

2. 遗传缺陷：某些遗传缺陷也可能导致Congenital AA的发生。这些缺陷可能影响造血干细胞的发育或功能，从而导致贫血。

3. 药物和化学物质：某些药物和化学物质可能对造血干细胞造成损害，从而导致Congenital AA的发生。这些药物和化学物质可能包括某些抗癌药物、抗生素和重金属等。

4. 感染：某些感染也可能导致Congenital AA的发生。这些感染可能包括病毒感染（如巨细胞病毒）、细菌感染和寄生虫感染等。

5. 其他因素：还有一些其他因素可能与Congenital AA的发生有关，如遗传性代谢紊乱、免疫系统异常等。

总之，Congenital AA的病因是多方面的，具体的病因可能因个体而异。因此，对于每个患者，医生需要进行详细的病史、家族史和体格检查，并结合实验室检查和遗传学检查，以确定具体的病因。