肩关节手术三个月后仍然感到疼痛可能是一个常见的问题，具体原因可能因人而异。以下是一些可能导致肩关节手术后疼痛的原因，以及一些可能的解决方法：

1. 术后疼痛：手术后的疼痛可能是由于手术创伤、麻醉药物残留或手术切口的炎症引起的。这种疼痛通常在手术后的几天内逐渐减轻。

解决方法：

- 休息：在手术后的几天内，尽量保持休息，避免过度活动。

- 冷敷：在手术后的几天内，可以用冰袋或冷敷袋在疼痛的部位进行冷敷，有助于减轻疼痛和炎症。

- 药物治疗：医生可能会开具一些非处方药物，如非甾体抗炎药（NSAIDs）或止痛药，以减轻术后疼痛。

1. 术后肌肉萎缩：手术后，肩关节周围的肌肉可能会萎缩，这可能导致肩关节疼痛。

解决方法：

- 物理治疗：物理治疗师可以通过物理治疗和康复训练来帮助恢复肌肉力量和功能。

- 运动康复：在进行康复训练时，要遵循医生的建议，逐渐增加运动强度和频率，以帮助肌肉恢复。

1. 术后肩关节僵硬：手术后，肩关节可能会变得僵硬，这可能导致肩关节疼痛。

解决方法：

- 物理治疗：物理治疗师可以通过手法治疗和理疗来帮助缓解肩关节僵硬。

- 运动康复：在进行康复训练时，要遵循医生的建议，逐渐增加运动强度和频率，以帮助肩关节恢复灵活性。

1. 其他可能的原因：

• 术后感染：手术后，如果出现感染症状，如发热、红肿或疼痛加剧，应立即就医。
• 术后并发症：手术后，如果出现其他并发症，如肩关节脱位或骨折，应立即就医。

如果你仍然感到疼痛，建议咨询医生，他们可以进行详细的评估，并给出具体的治疗建议。