停经40天进行B超检查，通常可以看到孕囊。孕囊是胚胎发育的早期结构，位于子宫内膜上，通常直径在1-2厘米之间。在停经40天时，孕囊的大小和形态可以提供有关怀孕的早期信息。然而，具体的B超结果可能会因个体差异而有所不同。

B超检查通常用于评估子宫内膜厚度、子宫形态、胚胎位置和数量等。如果孕囊在停经40天时已经形成，B超检查可能会显示孕囊的直径、位置和数量。这些信息可以帮助医生确定怀孕的时间和胚胎的健康状况。

然而，B超检查并不能完全确定停经40天时是否存在孕囊。在B超检查之前，医生可能会要求您提供一些病史和症状，以便更好地评估您的怀孕情况。如果您有任何疑虑或担忧，请咨询您的医生以获取更详细的建议和检查。