自然流产是指妊娠早期（12周内）的胎儿死亡，导致子宫内膜脱落和子宫收缩，导致流产。判断自然流产是否干净，可以考虑以下几个方面：

1. 子宫内膜脱落：自然流产后，子宫内膜通常会脱落，形成血块或血块碎片。如果子宫内膜没有脱落，可能是流产不完全，需要进一步检查。

2. 子宫收缩：自然流产后，子宫通常会收缩，导致子宫腔内残留物排出。如果子宫收缩不彻底，残留物可能会残留在子宫内，需要进一步检查。

3. 阴道出血：自然流产后，阴道通常会有出血，出血量和持续时间因人而异。如果出血量过多或持续时间过长，可能是流产不完全，需要进一步检查。

4. 妇科检查：医生可以通过妇科检查来评估子宫内膜脱落和子宫收缩的情况。检查时，医生会检查子宫内膜是否脱落，子宫颈是否扩张，子宫内膜是否存在残留物等。

总之，判断自然流产是否干净，需要综合考虑子宫内膜脱落、子宫收缩、阴道出血和妇科检查的结果。如果医生认为流产干净，通常不需要进一步治疗。如果医生怀疑流产不完全，可能需要进一步检查和治疗。