当附睾畸形不影响生育能力时，通常不需要进行治疗。然而，对于节段性附睾闭锁，可以考虑采用附睾管输精管吻合术进行治疗。在手术过程中，可以使用放大10～20倍的显微镜，并选择Silber和Wagenknecht两种不同的方法。Silber法是将扩张的附睾管与输精管端端吻合，而Wagenknecht法则是将扩张的附睾管与输精管端侧吻合。

手术过程中，首先切开扩张的附睾管，然后检查其中的液体以确认是否存在精子。确认存在精子后，使用11-0无损伤尼龙线将附睾管与输精管黏膜吻合，并进行4～6针的间断缝合，最后使用9-0无损伤尼龙线将附睾被膜与输精管肌层吻合。

对于附睾头囊肿，可以采用穿刺抽液注射硬化剂的治疗方法，但由于复发率较高，目前已较少使用，手术方法更为安全可靠。至于附睾缺如者，无法进行治疗，但可以通过辅助生殖治疗来解决生育问题，特别是对于睾丸生精功能正常的患者。而对于附睾畸形合并隐睾的患者，则应及时进行睾丸固定手术。