肥厚型梗阻性心肌病可以在任何年龄出现症状，但最常见的发病年龄是20岁左右。通过心导管检查明确诊断的病例中，在10岁以下，只有10%表现出严重症状，而在50岁以上，这一比例增加到70%。一些患者的病情可能多年保持稳定，而另一些可能逐渐恶化。发生心房颤动后，常出现充血性心力衰竭或体循环栓塞的症状。在未经手术治疗的病例中，约有15%在5年后死亡，25%在10年后死亡，大多数患者突然死亡，仅有少数患者死于心力衰竭或感染性心内膜炎。

对于那些临床症状明显、内科药物治疗无效、静息时左心室腔与流出道收缩压差超过6.6kPa（50mmHg）的患者，外科手术治疗是必要的。常用的手术方法包括：

1. 经主动脉和左心室联合切口心肌切除术：通过胸骨正中切口，应用体外循环结合低温，切除心室间隔肥厚的心肌以解除梗阻。

2. 经主动脉切口心室间隔心肌切除及切开术：建立体外循环并采取心肌保护措施，通过阻断主动脉血流，切除心室间隔肥厚的心肌组织。

手术死亡率约为10%，主要死亡原因包括低心排血量和左心室切口出血。术后大约5%的病例会发生完全性传导阻滞。术后长期随访发现，70%的病例能够生存10年以上，50%甚至生存15年以上。术后症状通常会显著减轻或消失，心功能有望改善。然而，仍需注意心房颤动等并发症的存在。总体而言，手术治疗显著减少了猝死的发生率，为患者提供了更好的生存机会。