月经干净后肚子疼可能是多种原因引起的，以下是一些可能的解释：

1. 子宫内膜脱落：月经期间，子宫内膜会脱落，这可能会导致子宫收缩，引起轻微的肚子疼。这种疼痛通常不会持续很长时间，并且不会影响到日常生活。

2. 盆腔炎症：盆腔炎症可能导致月经干净后肚子疼。盆腔炎症是指子宫、输卵管和卵巢等盆腔器官的炎症，可能引起盆腔疼痛、肚子疼、腰痛等症状。如果这种疼痛持续存在，建议咨询医生进行检查和治疗。

3. 子宫肌瘤：子宫肌瘤是一种常见的妇科肿瘤，可能导致月经干净后肚子疼。子宫肌瘤通常不会引起严重的疼痛，但如果疼痛严重或持续存在，建议咨询医生进行检查。

4. 子宫内膜异位症：子宫内膜异位症是指子宫内膜在子宫外生长，可能导致月经干净后肚子疼。这种疼痛可能伴随着月经过多、痛经、性交痛等症状。如果疼痛严重，建议咨询医生进行检查和治疗。

5. 其他原因：除了上述原因，还可能有其他原因导致月经干净后肚子疼，如子宫脱垂、盆腔淤血等。如果疼痛严重或持续存在，建议咨询医生进行检查和治疗。

总之，月经干净后肚子疼可能是多种原因引起的，建议咨询医生进行检查和诊断，以便确定具体的原因，并采取相应的治疗措施。